染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。其原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段。后期通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

應用：ChIP可以用來檢測體內(nèi)反式作用因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。而且，ChIP與其他方法的結合擴大了其應用范圍：ChIP與基因芯片相結合建立的ChIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與體內(nèi)足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結合位點；RNA-ChIP用于研究RNA在基因表達調(diào)控中的作用。