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扒一扒噬菌體展示技術(shù)的前世今生

發(fā)表時(shí)間:2023-03-07 訪問次數(shù):407

在生命科學(xué)領(lǐng)域中,有兩種極為重要的生物大分子一直在被科學(xué)家們研究,一種是執(zhí)行大部分生命活動(dòng)的蛋白質(zhì),一種是承載遺傳信息的核酸。在噬菌體展示技術(shù)出現(xiàn)以前,無論是成本、通量抑或效率,解碼核酸序列的能力遠(yuǎn)優(yōu)于解碼蛋白質(zhì)序列的能力。科學(xué)家們利用噬菌體展示技術(shù)將蛋白質(zhì)相關(guān)信息轉(zhuǎn)化為核酸信息后,通過高通量測序來實(shí)現(xiàn)對蛋白質(zhì)信息的解讀,這也為蛋白質(zhì)研究提供了更為便捷的方法。

噬菌體展示技術(shù)其原理在于將展示在其表面上的蛋白質(zhì)/抗體或者小肽的序列與編碼它們的核酸序列進(jìn)行關(guān)聯(lián),利用噬菌體的超強(qiáng)擴(kuò)增能力構(gòu)建小肽或者抗體文庫,多樣性可以達(dá)到109以上;然后利用噬菌體展示技術(shù)通過多輪淘選得到針對特定對象的親和肽或者抗體。

那么噬菌體展示技術(shù)是如何發(fā)現(xiàn)和發(fā)展的呢?這首先得從噬菌體開始說起。

噬菌體是一類病毒,顧名思義是吞噬細(xì)菌、真菌、超級細(xì)菌等微生物的病毒。自然界中,噬菌體無處不在,以其極端的多樣性持續(xù)顛覆生命領(lǐng)域的游戲規(guī)則,被生物科學(xué)家成為生命宇宙的暗物質(zhì),也被開發(fā)成為病原微生物防控的核武器。除此之外,噬菌體展示是其應(yīng)用的一個(gè)重要領(lǐng)域。
1985年,G. P. Smith教授將EcoR I基因片段插入絲狀噬菌體f1BamH I位點(diǎn),轉(zhuǎn)化E. coli,通過與f1噬菌體的結(jié)構(gòu)蛋白融合,成功將EcoR I顏值)展示于噬菌體的表面(1)。此后,隨著大量噬菌體展示文庫的構(gòu)建、遺傳操作體系的建立以及展示平臺(tái)與體系的拓展,噬菌體展示技術(shù)在不同領(lǐng)域,尤其是蛋白質(zhì)和抗體相關(guān)領(lǐng)域,發(fā)揮了重要作用。

噬菌體展示技術(shù)有多種分類標(biāo)準(zhǔn)。根據(jù)噬菌體的不同,可以分為M13、T7T4、λ等多種體系;根據(jù)載體的不同,可以分為噬菌體載體(True Phage)和噬菌粒載體(Phagemid);根據(jù)文庫的不同,可以分為隨機(jī)肽庫、cDNA文庫、抗體文庫、蛋白質(zhì)文庫等。

M13噬菌體展示系統(tǒng)

單鏈絲狀噬菌體(M13)屬于絲狀噬菌體,含有單鏈DNA基因組,其衣殼蛋白為管狀,通常由幾千個(gè)拷貝的主要衣殼蛋白(PⅧ)和位于尾端的次要衣殼蛋白(PⅢ)組成。由于該蛋白的分子量很小,只適合用來展示外源短肽。外源肽段的太大會(huì)影響病毒包裝,不能形成有功能的噬菌體。該系統(tǒng)比較適合用來篩選低親和力的配體。
T7噬菌體展示系統(tǒng)

T7 噬菌體基因組為線性雙鏈DNA,其衣殼蛋白通常有兩種形式,即10A(344個(gè)氨基酸殘基)和10B(397個(gè)氨基酸殘基),10B衣殼蛋白區(qū)存在于噬菌體表面,所以被用來構(gòu)建噬菌體展示系統(tǒng)。與M13系統(tǒng)相比,T7噬菌體直接使宿主菌進(jìn)行裂解,不需經(jīng)過分泌過程,廣泛應(yīng)用于篩選不同分子量,不同親和力的蛋白質(zhì)。

T4噬菌體展示系統(tǒng)

T4噬菌體基因組DNA為雙鏈線形,呈環(huán)狀排列,噬菌體衣殼的有兩種非必需外殼蛋白SOC(small outer capsid protein,9 ku)和HOC(highly antigenic outer capsid protein40 ku),因此它表達(dá)的蛋白不需要復(fù)雜的蛋白純化,可展示各種大小的多肽或蛋白質(zhì),很少受到限制。

λ噬菌體展示系統(tǒng)

λ噬菌體是長尾噬菌體科的一種溫和噬菌體,有直徑55nm的二十面體頭部,末端有細(xì)長尾絲。基因組為48.5 kb的線性雙鏈DNA分子,有黏性末端即單鏈延伸12個(gè)核苷酸,感染后線性基因組可立即環(huán)化。噬菌體的頭部由D蛋白和V蛋白構(gòu)成,可以構(gòu)建D蛋白和V蛋白的展示系統(tǒng)。λ噬菌體是在宿主細(xì)胞內(nèi)完成裝配的,無需將外源肽或蛋白分泌到細(xì)菌胞膜外,可展示有活性的大分子蛋白質(zhì)(100 kDa以上)及宿主細(xì)胞有毒性的蛋白質(zhì),適用范圍極廣。