密碼子分離器可以將一段編碼序列分離成三條序列，第一條是由所有密碼子的第一位堿基組成，第二條是由所有密碼子的第二位堿基組成，第三條是由所有密碼子的第三位堿基組成。例如，"ATGATGATG"經(jīng)處理后將獲取"AAA", "TTT"和"GGG"三條。當(dāng)下游分析需要針對每個密碼子的時候，此工具特別有用。